Franz Häffele wird erstmals 1727 im Zusammenhang mit der Burg Stettenfels in Gruppenbach erwähnt. Er war zunächst im Auftrag des Grafen Ludwig Xaver von Fugger als einfacher Maurer tätig. Später qualifizierte er sich zum Baumeister und Architekten und wurde zu dieser Zeit „Baumeister von Gruppenbach“ genannt. Für den Grafen Ludwig Fugger baute er 1737 im Schlosspark ein „Lusthaus mit Saal“ und 1739/1740 in Untergruppenbach das Rathaus. Durch konfessionelle Streitigkeiten zwischen dem Grafen Ludwig Fugger (dieser war katholisch) und der protestantischen württembergischen Regierung wurde auch Häffele gezwungen, seine Güter in Gruppenbach zu verkaufen.

Bereits 1743 wurde Häffele die Bauführung für den Umbau der Abteikirche des Klosters Amorbach übertragen, nachdem seine Baupläne abgelehnt und den Plänen von Johann Maximilian von Welsch der Vorzug gegeben wurde. Dies ist durch das große Fresko des Augsburger Freskenmalers Matthäus Günther im Langhaus der Abteikirche belegt, das Franz Häffele als Bauführer mit einem Längenmaß und Dreispitz zeigt.

Er übersiedelte 1745 nach Neckarsulm und war ab dieser Zeit fast vier Jahrzehnte für den Deutschen Orden tätig, für den er unter anderem in Dahenfeld um 1745 die Kirche St. Remigius als Ersatz für eine baufällig gewordene ältere Kirche, in Tiefenbach 1747 die Jakobuskirche, in Offenau 1751 die Kirche St. Alban, 1757 in Neckarsulm den Turm der Kirche St. Dionysus und 1760 in Dahenfeld das Pfarrhaus errichtete. 1781 erbaute er gemeinsam mit J. M. Keller das Pfarrhaus in Erlenbach, 1781/1782 das Rathaus von Neckarsulm. In Neckarsulm war Häffele auch Gastwirt zum „Goldenen Engel“. Seine zweite Frau Maria Salome, geborene Röckel, gebar ihm hier zwischen 1747 und 1757 drei Mädchen und vier Jungen.